裁量労働のみなし労働時間は使用者が決めるのではなく、労使協定で業務遂行に必要な時間を定めることになる。労使協定は事業場ごとに締結する(労基法38条の3)。協定したみなし労働時間は長短を問わず、様式13号で労基監督署長に届け出なければならない(労基法38条の3第2項、労基則244の2の2第4項)。みなし労働時間の単位は1日とする。行政通達において、「1日の労働時間だけでなく1ヵ月の労働時間も可能か」との設問に対して、「1日あたりの労働時間を協定する」と回答されている(昭63・3・14基発150号)。次にみなし労働時間は裁量労働の業務によって、その必要とされる時間は異なる場合は、それぞれの業務ごとに定めてよい。同様に夏季、年末その他の時期によって異なる時間とするのもさしつかえない。所定時間を上まわる時間とする場合みなし労働時間の決め方としては、次の2つの方法がある。「(1)所定労働時間を上まわる時間とする方法」「(2)所定労働時間と同一とする方法」
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